Базилика Сант'Аполлинаре посвящена Святому Аполлинарию, святому заступнику Равенны. Время, когда жил этот святой трудно точно определить. Согласно легенде, именно он добрался до порта Классис и обратил местное население, которое состояло главным образом из торговцев и моряков, в Христианство. Большинство источников содержит информацию о том, что он прожил всю свою жизнь в конце 2-ого столетия. Приблизительно в 532 году нашей эры, Епископ Урсициний начал строительство церкви в честь Святого Аполлинария рядом с христианским кладбищем в Классе. Церковь была освещена Епископом Максимилианом 9 мая, 549 года. Как и Базилика ди Сан Витале в центре города, здание было финансировано Юлианием Аргентарием. Одни и те же длинные, тонкие красные кирпичи использованы для строительства обеих структур. За столетия были сделаны несколько изменений и дополнений. Фонарь был восстановлен в 8-ом столетии; апсида была поднята, чтобы учесть строительство нового склепа внизу в 9-ом столетии; и круглая колокольня была добавлена в 10-ом столетии. Позже, облицовка ценным мрамором стен была убрана, чтобы украсить церковь в Римини (15-ое столетие), и картины были добавлены к стенам нефа (18-ое столетие). Также атриум (западный внутренний двор) базилики был разрушен.