Из-за реконструкций 20-ого столетия, интерьер Агия София испытывает недостаток в украшениях. Но историческая и архитектурная важность этого древнего здания делают его достойным посещения. Внешний вид не особенно привлекателен, но вокруг церкви разбит красивый сад с пальмами и соснами. Западный фасад является простым, плоским, и квадратным, но Восточная сторона больше походит на типичную Византийскую церковь.

Интерьер церкви очень просторен; она покрыта куполом 10 метров в диаметре. Необычно, но структура купола опирается на квадратный, а не круглый, барабан с закругленными углами. К счастью, некоторые из оригинальных мозаик Святой Софии пережили ее бурную историю. Мозаики купола датируются 9-ым или 10-ым столетиями и изображают Вознесение, с Христом, усаженным на троне из радуги, занимающем центральный медальон. Ниже изображена Дева Мария между ангелами и Апостолами, расположенными на деревьях. Мозаики апсиды включают Возведенную на престол Деву и монограммы Императора Константина VI и Императрицы Ирины. Некоторые мозаики сохранились с Иконоборческого периода, когда фигуральные представления были запрещены в религиозном искусстве, и датированы 785-797 годами. Эти мозаики изображают кресты, звезды, и литургические тексты. Арки на западной стене нартекса имеют фрагменты фресок 11-ого столетия, состоя главным образом портретов святых.