У базилики есть очень просторный неф с проходами в стороны, а 58 широких окон, включая пять в апсиде, затопляют интерьер светом. Неф поддержан на двух дюжинах тонких мраморных колон, украшенных византийскими резными капиталами. Это не древние колоны, они определенно были созданы для этой церкви при дворе императора - в Проконнесосе. Красивые капиталы известны как "бабочка" или "листья, унесенные ветром".

Первоначально стены нефа и фонарь были покрыты мозаиками (как может все еще быть замечено в Сант'Аполлинаре Нуово), но они все исчезли. Более низкая часть стены и несущая стена арок теперь украшены фресками и штукатуркой 18-ого столетия. Медальоны фресок изображают епископов Равенны. Пол был также полностью заложен мозаикой, но только частично сохранился: древний тротуар сохранился позади прохода с правой стороны. Тротуар включает частичную надпись, отмечающую, что работы по его созданию спонсировались Готентией и Феликсом. Выше этой надписи расположен мраморный навес алтаря, с надписью, согласно которой этот навес датируется началом 9-ого столетия. Другой мозаичный фрагмент, найденный в 1953 году, показан у правой стены прохода позади окна. На западную сторону базилики выходит нартекс, который содержит маленький билетный киоск и некоторые экспонаты, найденные в этой области. У восточной стороны есть большая центральная апсида, которая является круглой внутри, но многоугольной снаружи, и расположена между двумя квадратными часовнями, известными как протезис и ризница, соответственно. У часовен с левой стороны есть маленькие пятиугольные апсиды. Однако главной особенностью Сант'Аполлинаре ен Классе являются, конечно, блестящие мозаики пресвитерии, апсиды и триумфальной арки, которые датируются периодом с 6-ого до 12-ого столетий.