В 907 году монастырь основал патрикий Константин Липс в XI регионе Константинополя, на левом берегу реки Ликос.

Освещение монастырского каталикона

На освещении монастырского каталикона присутствовал сам император Лев VI. В монастыре хранилась оправленная в золото глава апостола Филиппа, изначально покоившаяся в построенном в его честь монастыре у цистерны Мокия, а также оставленные в камне стопы Апостола Павла.

В 1245 году, после того, как город захватили крестоносцы, святые мощи были перевезены во Францию.

В 1261 году, когда Константинополь был освобожден, монастырь Богородицы попал в число зданий, которые могла восстановить оскудевшая казна императора. Однако, полное его восстановление было завершено Феодорой Палеологиной, вдовой императора Михаила VIII. Она переделала храм в женский монастырь.

Женский монастырь

Феодора посодействовала постройке еще одной церкви с капеллой и больницы на двенадцать коек.

Новая церковь во имя Иоанна Предтечи являлась зданием с тремя нефами перестильного типа, симметричной галереей с захоронениями в нишах. Внутри обе церкви украшали потрясающие мозаики и фрески. Они виднелись даже в 80ых годах XIX века через обваливающуюся штукатурку.

Сама Федора умерла в 1303 году, успев принять постриг в монастыре, который сама восстановила. Похоронена она здесь же. В последствии, рядом с ней были погребены два её сына -  Константин Палеолог и император Андроник II.

Последним человеком, похороненным в монастыре Богородицы, стала невеста императора Иоанна VIII, русская княжна Анна, ,которая умерла в 1417 году от чумы.

Женский монастырь существовал вплоть до 1453 года, пока не был захвачен Константинополь.